Este ordenador fue fabricado por IBM y empezó a funcionar en febrero de 1944 en la universidad de Harvard. Sirvió para fines militares en el final de la II Guerra Mundial y para el proyecto Manhattan. Uno de los primeros programas fue desarrollado por John von Neumann (1903-1957) y su objetivo era simular las condiciones en las que se podía hacer implosionar una bomba atómica.

Hubo problemas entre Aiken e IBM sobre la prioridad del ordenador (claramente Aiken fue el diseñador del ordenador) y tras el Mark I; Aiken diseño y fabricó las siguientes generaciones de ordenadores: los Harvard Mark II, III y IV, éste ya totalmente electrónico.