El químico de la escuela alejandrina Zósimo de Panópolis (siglos III-IV) logró recuperar algunos fragmentos de la teoría y los descubrimientos atribuidos a María en sus obras Cheirokmeta y Sobre los aparatos y los hornos. Zósimo fue un alquimista trascendental, sobre todo a la hora de recuperar a los sabios antiguos de la ciencia, entre los que se sitúa la inventora. Fue su maestra, ya sea de manera directa o indirecta, lo que se hace patente al explicarse sus enseñanzas en los escritos de Zósimo. Después, su memoria fue recuperada por otros personajes a lo largo de la historia, manteniéndose así en el tiempo. Por ejemplo, el cronista bizantino Jorge Sincelo pensó que era la maestra del matemático Demócrito, otorgándole una posición privilegiada, pero ubicándola en la Grecia clásica (siglos V-IV a. C.). Este tipo de confusiones no tienen nada de extraño: el apelativo de La Profetisa enlaza con una tradición extendida durante siglos, la cual establecía que María la Judía era hermana de Moisés y Aarón, convirtiendo así a una mujer real en un antiguo mito abrahámico.

A la alquimista se le atribuye el Diálogo de María y Aros, obra escrita como una conversación entre María la Judía y un filósofo llamado Aros al que le transmite sus conocimientos. En el texto se explica el opus magnum o gran obra, es decir, el camino de la alquimia para crear la piedra filosofal. Este último elemento es una sustancia milagrosa capaz de convertir un metal base en oro y también se trata del objetivo principal de la alquimia. María inventó un rápido proceso para convertir la sustancia base en la piedra filosofal. Tan solo se tardaba una hora en transmutar dicha sustancia, pasando los tres estadios básicos de la alquimia: nigredo, albedo y rubedo (coloración de la materia inicial en negro, blanco y rojo). La sustancia final, la piedra filosofal, tenía el color rojo como distintivo y el poder de aurificar, transformar en oro otro tipo de metal. También en este diálogo definió el peligro del mercurio como un veneno, aunque es la sustancia constituyente de todos los elementos.

Los inventos de María son esenciales para varios de los procesos que permiten separar las distintas fases de una mezcla. Se le atribuye la fabricación del tribikos o alambique de tres brazos para el proceso químico de la destilación. Este invento lo empleó especialmente para obtener agua de azufre, aunque debe señalarse que en su época se denominaba así a cualquier elemento inflamable. No puede conocerse, en términos de la química actual, a qué se refiere la autora. Sea cual fuere el elemento para procesar, se deposita en una vasija de barro, seguramente mezclado con agua, y la destilación permite obtener un líquido tras la condensación de una de las sustancias, en este caso volátil. Por tanto, el producto final se separa de los residuos no volátiles. Si la materia utilizada es realmente azufre, es necesario puntualizar que resulta insoluble en agua, así que se habría conseguido un agua pura. También es necesario rechazar la idea de que María haya creado ácido sulfúrico, pues su altísimo nivel de corrosión destruiría el cobre con el que se fabrican los tubos del alambique. De este modo, lo obtenido es agua de azufre, que en todo caso sirve para amarillear la sustancia con la que se está construyendo el opus magnum, aproximándose a la rubedo. El azufre también tiene connotaciones simbólicas. Se asocia a la masculinidad y lo inflamable, convirtiéndose en uno de los tres principios de la alquimia de Paracelso (siglo XVI), junto al mercurio, que es la feminidad y la fluidez, así como la sal, elemento neutro y estabilizador de los dos anteriores.

A la alquimista se le atribuye el Diálogo de María y Aros, obra escrita como una conversación entre María la Judía y un filósofo llamado Aros al que le transmite sus conocimientos. En el texto se explica el opus magnum o gran obra, es decir, el camino de la alquimia para crear la piedra filosofal.

La otra creación fundamental atribuida a María es el kerotakis. Se trata de un aparato de sublimación por reflujo con el que María la Judía pudo ejercer sobre los metales básicos antes reducidos a partículas, todos aquellos a excepción del oro. Empleaba mercurio, azufre y seguramente arsénico, como afirmaba Agathodaimon, pues los sublimaba mediante la acción del calor, transitando del estado sólido al gaseoso de manera instantánea. El vapor obtenido de este proceso servía para teñir los metales comunes. En el caso del azufre, su acción corrosiva atacaba al metal situado en la parte superior del invento. De este modo se obtiene el color denominado negro de María. Esta particular tintura del metal tras el ataque del vapor sulfuroso significa la obtención de la nigredo durante el opus magnum. El arsénico es la sustancia que logra la albedo alquímica si sus vapores afectan al cobre. Finalmente, para alcanzar la rubedo lo necesario es utilizar mercurio, pues el sulfuro obtenido colorea de una tonalidad rojiza el metal base.

Los inventos de María son esenciales para varios de los procesos que permiten separar las distintas fases de una mezcla. Se le atribuye la fabricación del tribikos o alambique de tres brazos para el proceso químico de la destilación. 

Del kerotakis deriva otra idea suya mucho más sencilla: el baño María, que es una innovación técnica derivada de toda esta erudición. Consiste en calentar una materia de manera indirecta y regulada. La idea actual del baño María se observa en múltiples ejemplos: es el caso de calentar la leche de un biberón en un cazo. En este recipiente se vierte agua y comienza a calentarse en un fuego. La leche está protegida doblemente por ambos recipientes, así que la temperatura se regula con mayor facilidad y el calor no incide directamente en la sustancia.

La otra creación fundamental atribuida a María es el kerotakis. Se trata de un aparato de sublimación por reflujo con el que María la Judía pudo ejercer sobre los metales básicos antes reducidos a partículas. 

María la Judía no solo sobrevivió a la Edad Media, sino que su genialidad perdura hoy día. De hecho, es la inventora que inspiró a la pintora surrealista Leonora Carrington (1917-2011) en su obra La crisopea de María la Judía. En esta obra, María adquiere un aspecto teriomorfo (es transformada en un animal), pues se vincula la alquimia a la magia y la capacidad de transformarse en otras criaturas, contemplando también la hibridación. Se la representa obteniendo la crisopea, es decir, la piedra filosofal, el oro final infinitamente buscado y que determina el éxito absoluto del alquimista. Demuestra el interés de Carrington por el mundo de la alquimia, el cual le interesaba tanto como a su compañera, la también pintora surrealista y exiliada política Remedios Varo (1908-1963). Pero también revela la necesidad de buscar los orígenes de las mujeres, estudiar la historia de las mismas y descubrir a la humanidad todas las aportaciones, en este caso para la ciencia, con las que han contribuido al avance cultural.